Doświadczenia członków zespołu BIOGEO-SILESIA, jako zwykłych użytkowników rożnych baz danych o bioróżnorodności i georóżnorodności dostępnych on-line, były inspiracją podczas projektowania struktury Ogólnodostępnej Bazy Danych. Mając na względzie potencjalną wartość użytkową bazy danych o przyrodzie regionu, struktura OBD została zaprojektowana tak, żeby umożliwiała gromadzenie jak najszerszego zakresu informacji. Szeroki zakres informacji dotyczy zarówno liczby i różnorodności typów obiektów przyrodniczych, jak i przypisanych im atrybutów.

Ze względu na typ przestrzennych obiektów przyrodniczych (grup gatunków, siedlisk, form ochrony itp.), będących przedmiotem zainteresowania, w strukturze OBD wydzielono 19 baz tematycznych:

1. Stanowiska rzadkich, zagrożonych i chronionych gatunków mszaków.

2. Stanowiska rzadkich, zagrożonych i chronionych gatunków roślin naczyniowych.

3. Stanowiska gatunków roślin naczyniowych udokumentowane okazami zielnikowymi wraz z ilustracją graficzną.

4. Stanowiska rzadkich, zagrożonych i chronionych gatunków bezkręgowców.

5. Stanowiska rzadkich, zagrożonych i chronionych gatunków kręgowców.

6. Rośliny i zwierzęta obcego pochodzenia, ze szczególnym uwzględnieniem gatunków inwazyjnych.

7. Obszary potencjalnych siedlisk województwa śląskiego

8. Stanowiska rzadkich i zagrożonych zbiorowisk roślinnych oraz chronionych siedlisk przyrodniczych.

9. Dane fitosocjologiczne zbiorowisk naturalnych i półnaturalnych.

10. Flora i roślinność terenów poprzemysłowych.

11. Korytarze ekologiczne.

12. Ostoje przyrody ożywionej.

13. Ośrodki edukacji ekologicznej i ścieżki przyrodnicze.

14. Czynna ochrona przyrody.

15. Monitoring przyrodniczy.

16. Obszary ważne dla ptaków (Important Bird Areas – IBA) – ostoje ptasie.

17. Obszary ważne dla roślin (Important Plant Areas – IPA) – ostoje roślinne.

18. Gatunki i siedliska przyrodnicze chronione i zagrożone w województwie śląskim, Polsce, Europie i globalnie.

19. Geostanowiska województwa śląskiego.